โครงการดัชนีชี้วัดสุขภาพแห่งชาติมีเป้าหมายการดำเนินงานเพื่อพัฒนาชุดดัชนีชี้วัดสุขภาพแห่งชาติที่เป็นมาตรฐาน  และพัฒนาเครือข่ายเป็นกลไกผลักดันดัชนีชี้วัดสุขภาพแห่งชาติสู่การใช้ในระดับนโยบายขององค์กรสุขภาพแห่งชาติ ซึ่งดําเนินการโดยสถาบันวิจัยประชากรและสังคม มหาวิทยาลัยมหิดล  โดยได้รับความสนับสนุนจากแผนงานพัฒนาระบบข้อมูลข่าวสารสุขภาพ ซึ่งเริ่มดำเนินงานมาตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม 2547 จนถึงปัจจุบัน

              โดยแบ่งกระบวนการในการดำเนินงานออกเป็น 3 ด้าน คือ หนึ่งจัดประชุมคณะที่ปรึกษาโครงการ
ซึ่งประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิจากหน่วยงานต่างๆที่เกี่ยวข้องกับดัชนีสุขภาพและสามารถมองสุขภาวะองค์รวม โดยแบ่งเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านปัจจัยบ่งชี้สุขภาพและด้านระบบบริการสุขภาพ สอง จัดประชุมคณะกรรมการชี้ทิศทาง ซึ่งประกอบด้านผู้คุณวุฒิจากหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับดัชนีสุขภาพโดยแบ่งเป็นฝ่ายผู้กําหนดนโยบาย ฝ่ายวิชาการฝ่ายนักการเมือง ฝ่ายองค์กรพัฒนาชุมชน ฝ่ายแกนนําภาคประชาชนและฝ่ายผู้สื่อข่าว และสาม คัดเลือกตัวชี้วัด

                หลังจากผ่านกระบวนการคัดเลือกตัวชี้วัด ให้ป็นไปตามเกณฑ์และกรอบการคัดเลือกตัวชี้วัดสุขภาพแห่งชาติที่ตั้งไว้อย่างเหมาะสมแล้ว คณะทํางานโครงการฯ ได้จัดประชุมคัดเลือกตัวชี้วัดสุขภาพแห่งชาติ ในวันที่ 10–11 พฤศจิกายน 2549 ณ ห้อง Peridot โรงแรมริชมอนด์ จังหวัดนนทบุรี เพื่อหาข้อตกลงร่วมกันในการกําหนดตัวชี้วัดสุขภาพ โดยจะเป็นการประชุมเครือข่ายวงกว้างจากทุกภาคส่วนโดยเชิญบุคคลจากหน่วยงานต่างๆ อาทิ หน่วยงานภาครัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น หน่วยงานภาควิชาการ ภาคประชาสังคม เครือข่ายสมัชชาสุขภาพ เครือข่ายสุขภาพ คณะกรรมการและอนุกรรมการต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง อาทิ กระทรวงสาธารณสุข,กระทรวงมหาดไทย ,กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ,สํานักงานสถิติแห่งชาติ, สํานักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ , กรมควบคุมมลพิษ ,มหาวิทยาลัย , เครือข่ายประชาสังคม และสํานักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ เป็นต้น ซึ่งต่างก็เป็นผู้ทรงคุณวุฒิในการมองสุขภาวะองค์รวมได้เป็นนอย่างดี และสามารถให้คำแนะนําอันเป็นประโยชน์ต่อการคัดเลือกตัวชี้วัด รวมจำนวนผู้ทรงคุณวุฒิที่เข้าร่วมประชุมมีประมาณ 100 คน

               ผลจากการจัดประชุมคณะทำงานโครงการฯ  ได้ตัวชี้วัดสุขภาพแห่งชาติที่ผ่านการคัดเลือกทั้งสิ้น 90 ตัว โดยแบ่งออกเป็น 3 ด้าน คือ ด้านสถานะสุขภาพ มีจำนวนตัวชี้วัด 14 ตัว ด้านปัจจัยบ่งชี้สุขภาพ มีจำนวนตัวชี้วัด 56 ตัว และด้านระบบบริการสุขภาพ มีจำนวนตัวชี้วัด 20 ตัว