หนังสือ “รายงานสุขภาพคนไทย 2549” ประกอบด้วยเนื้อหาสามส่วน ดังนี้ ส่วนที่หนึ่ง ดัชนีชี้วัดสุขภาพคนไทย ปีนี้นำเสนอ 13 หมวด ประกอบด้วย กลุ่มุขภาพกาย 2 หมวด คือ สุขภาพฟัน สุขภาพเพศ กลุ่มพฤติกรรมเสี่ยงต่อการเกิดโรค 4 หมวด คือ โภชนาการ สุรา ออกกำลังกาย อุบัติเหตุจราจรและการบาดเจ็บ กลุ่มระบบสุขภาพ 1 หมวด คือ หลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า กลุ่มสุขภาพจิต 1 หมวด คือ สุขภาพจิต กลุ่มสุขภาพปัญญา 1 หมวด คือ สุขภาพปัญญาแนวพุทธ และกลุ่มสุขภาพสังคม 4 หมวด คือ การขาดแคลนน้ำ เด็กกับโทรทัศน์และการเรียนรู้ ชีวิต ครอบครัว และ สารเคมีควบคุมศัตรูพืช

ส่วนที่สอง ประมวลสถานการณ์เด่นที่มีผลกระทบต่อสุขภาพคนไทยในรอบปี โดยการรวบรวมสิ่งที่เกิดขึ้นและวิเคราะห์ผลกระทบต่อสุขภาพมานำเสนอ เช่น สถานการณ์ไฟใต้บนแนวทางสมานฉันท์และ พ.ร.ก.ฉุกเฉิน , จะปล่อยให้รายการโทรทัศน์กำหนดชะตาเด็กไทยไปถึงไหน? , แปรรูปรัฐวิสาหกิจ ประชาชนได้อะไร เป็นต้น

ส่วนที่สาม คือเรื่องประจำฉบับ ปีนี้เสนอเรื่อง “อยู่อย่างไรกับไข้หวัดนก” ปรับเพื่อความอยู่รอด เรื่องนี้เป็นเรื่องที่สำคัญมากและจะส่งผลกับสังคมไทยไปอีกนาน เพราะปัญหาเรื่องไข้หวัดนกเป็นปัญหาที่มีผลกระทบทั้งต่อสุขภาพประชาชนโดยตรง ต่อการเลี้ยงสัตว์ปีกและปัญหาทางด้านสาธารณสุขระหว่างประเทศ รวมทั้งผลกระทบที่มีต่อเศรษฐกิจ สังคม และวิถีชีวิตของคนในสังคมไทย